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Physikalisches Seminar (Biophysik): Potenzielle Bachelorarbeitsthemen – Übersicht

  • Übersicht

Einführendes Seminar zur Einarbeitung in mögliche Bachelorarbeitsthemen aus der Biophysik (3 ECTS-Punkte)

Dozenten

Informationen zur Vorlesung

Zeit und Ort

Themenvergabe und Koordinationstreffen
war am 8.11.2016 um 13:00 ct. im Seminarraum LS Gaub
Die Seminarvorträge sind am 18.1. 2017 ab 9:00 ct.
bei Interesse, Mail an: benoit@lmu.de

Biophysikseminar (Physikalisches Seminar Biophysik) 3 ECTS-Punkte

Dieses Seminar bietet Bachelorstudenten die Möglichkeit einen Seminarvortrag über spezielle biophysikalische Methoden und aktuelle biophysikalischen Fragestellungen zu halten. Es besteht gegebenen Falls die Möglichkeit anschließend darüber auch eine Bachelorarbeit durchzuführen.

>>>> Tips für gute wissenschaftliche Präsentationen: [PDF] <<<<<

Seminarthemen    (werden am 18.1.2017 vorgetragen)

 AG Opitz:

"Erosion bakterieller Biofilme"                                                                              (T. Wiltgen)
"künstliche Biofilme"                                                                                            (M. Schoch) 

Literatur:
- Mechanical robustness of Pseudomonas aeruginosa biofilms
soft matter, doi:10.1039/c0sm01467b
- Selected metal ions protect Bacillus subtilis biofilms from erosion
metallomics, doi: 10.1039/c4mt00049h

AG Braun:

"DNA replication using symmetry breaking in thermophoretic gel formation"     (M. Weingart)

Literatur:
Heat-Flow-Driven Oligonucleotide Gelation Separates Single-Base Difference,
Angewandte Chemie, DOI: 10.1002/ange.201601886

 "Trapped Polymerization from EDC-activated nucleotides by a heat flow "         (F. Burckhardt)

Literatur:
- Escalation of polymerization in a thermal gradient,
PNAS, doi/10.1073/pnas.1303222110
- Spontaneous Formation of RNA Strands, Peptidyl RNA, and Cofactors,
Angewandte Chemie, DOI: 10.1002/ange.201506593

 AG Liedl:

 "Heterogeneous nanoparticle chains as photonic wires"                                      (C. Pauer)

Literatur:

"Virus detection with plasmonic assemblies"                                                         (H. Intat)

Literatur:

 AG Paulitschke:

"Optical biosensors for early biofilm detection"                                                    (V. Zimmermann)
"Resistance of biofilms"                                                                                         
(J. Lechner)

Literatur:
- Optical sensing of microbial life on surfaces,
Appl Environ Microbiol, doi:10.1128/AEM.03001-15.

- Sensitive optical biosensors for unlabeled targets: A review
Analyt. Chimica Acta, doi:10.1016/j.aca.2008.05.022

 AG Nickel:

"Lipid vesicles punctured by carbon nanotubes: a small angle x-ray study"      (P. Reindl)

Literatur:
- Structure of Carbon Nanotube Porins in Lipid Bilayers: An in Situ Small-Angle X-ray Scattering (SAXS) Study
Nano Lett.,

- Stochastic transport through carbon nanotubes in lipid bilayers and live cell membranes
Nature, doi:10.1038/nature13817

 AG Rädler:

"collective cell migration and dynamic arrest"                                                     (M. Schreib)

Literatur:

"single cell migration and cytoskeleton dynamics"                                             (T. Schnurrenberger)

Literatur:
- Actin Flows Mediate a Universal Coupling between Cell Speed and Cell Persistence
doi: 10.1016/j.cell.2015.01.056


 AG Gaub:

"Molecular Forces activate Integrin and Notch Signaling"                                  (I. Ruider)

Literatur:
- Defining Single Molecular Forces Required to Activate Integrin and Notch Signaling
doi: 10.1126/science.1231041


 AG Lipfert:

"Magnetic Torque Tweezers Measurements and Applications to Supercoiled DNA"  (E. Do)

Literatur:
- Probing the mechanical properties, conformational changes, and interactions of nucleic acids with magnetic tweezers
J Struct Biol, doi: 10.1016/j.jsb.2016.06.022
- Torque spectroscopy for the study of rotary motion in biological systems
Chem Rev, doi:10.1021/cr500119k

"Probing DNA Topology and Viral Integration by Scanning Force Microscopy"  (M. Hafner)

Literatur:

- Structure, mechanics, and binding mode heterogeneity of LEDGF/p75-DNA nucleoprotein complexes revealed by SFM
Nanoscale, doi:10.1039/c4nr00022f

"Probing Unfolded Protein and Nucleic Acid Ensembles Using Small-Angle X-ray Scattering" (N. Gächter)

Literatur:
 - Random-coil behavior and the dimensions of chemically unfolded proteins
PNAS, doi:10.1073/pnas.0403643101
- Small-angle X-ray scattering from RNA, proteins, and protein complexes
Annu Rev Biophys Biomol Struct, doi: 10.1146/annurev.biophys.36.040306.132655

Es besteht ggF. die Möglichkeit anschließend auch eine Bachelorarbeit dazu durchzuführen.

zur Anmeldung zum Seminar bitte eine Email an benoit@lmu.de

Verantwortlich für den Inhalt: M.Benoit