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Physikalisches Seminar (Biophysik): Potenzielle Bachelorarbeitsthemen – Übersicht

  • Übersicht

Einführendes Seminar zur Einarbeitung in mögliche Bachelorarbeitsthemen aus der Biophysik (3 ECTS-Punkte)

Dozenten

Informationen zur Vorlesung

Zeit und Ort

Themenvergabe und Koordinationstreffen:
Do. 16.11.2017 von 14-16h LS Gaub, Seminarraum 103, 1. Stock

Die Seminarvorträge finden am 18. & 25. Januar 2018 ab 9.15h im
LS Gaub, Seminarraum 103, 1. Stock statt.

Angemeldete Teilnehmer erhalten Anfang Januar einen genauen Ablaufplan.
Bei weiteren Fragen bitte eine Mail an: carleen.kluger@physik.uni-muenchen.de

Biophysikseminar (Physikalisches Seminar Biophysik) 3 ECTS-Punkte

Dieses Seminar bietet Bachelorstudenten die Möglichkeit einen Seminarvortrag über spezielle biophysikalische Methoden und aktuelle biophysikalische Fragestellungen zu halten. Es besteht gegebenenfalls die Möglichkeit, anschließend darüber auch eine Bachelorarbeit durchzuführen.

Die Vorträge können in deutscher oder englischer Sprache präsentiert werden und sollten 20 min dauern. Im Anschluss gibt es jeweils eine kurze Fragerunde in der alle Studenten zur Mitarbeit aufgerufen sind.

>>>> Tips für gute wissenschaftliche Präsentationen: [PDF] <<<<<

Seminarthemen    (werden vorr. im November vorgestellt und vergeben)

 AG Opitz:

"Bacterial competition at high initial cell densities"                  
"The influence of protein maturation on growth rate"             
"Bacterial competition at low initial cell densities"                   

Literatur:

AG Braun:

"Combining RNA accumulation with short temperature spikes for autonomous all-RNA evolution

Literatur:
(i) Manuscript Lorenz Keil for convective RiboPCR
(ii) Physical Review Letters 91:158103 (2003)
(iii) Applied Physics Letters 87, 183901 (2005)
(iv) Physical Review Letters 104, 188102 (2010)

"Ligation chain reactions in a thermal trap: symmetry breaking and hypercycles"                                                                                         

Literatur:
(i) Manuscript Shoichi Toyabe
(ii) PCCP (2016) doi: 10.1039/C6CP00577B
(iii) Nature Chemistry (2015) doi:10.1038/nchem.2155

"Overcoming the Spiegelman problem with thermal gradients"

Literatur:

(i) Thermal Trap for DNA Replication, Christof B. Mast and Dieter Braun, Physical Review Letters 104, 188102 (2010)

(ii) Heat flux across an open pore enables the continuous replication and selection of oligonucleotides towards increasing length

Moritz Kreysing, Lorenz Keil, Simon Lanzmich and Dieter Braun, Nature Chemistry (2015) doi:10.1038/nchem.2155

 AG Liedl:

"Probing DNA origami stability after multiple thaw-freeze cycles" 

Literatur:

 

 AG Rädler:

"Analysis of fluorescent single cell traces: background correction"    (Daniel Woschée)

How to analyze single cell fluorescent traces in a computationally
efficient, but flexible way.

A Theoretical topic, no experiments planned!


Literatur:

Röttgermann et al., doi:10.3390/microarrays5020008

Schwarzfischer er al.,
https://push-zb.helmholtz-muenchen.de/frontdoor.php?source_opus=6773&la=de

dissertation Carolin Leonhardt: Chapt. 2.7


"Photolithography as a tool for micropatterning"                                              (Janina Lange)

How to use a projector to create cell-adhesive geometries on a substrate.

Literatur:
Stirman et al., 2012: DOI: 10.1038/nprot.2011.433

Schwarz et al., 2016: doi: 10.1038/srep36440

Strale et al., 2015: DOI: 10.1002/adma.201504154

Waldbaur et al., 2012: DOI: 10.1002/smll.201102163

"Cell migration on dumbbell geometries: a means for cell classification?"           (Alexandra Fink)

-observation of single cell migration of different cell lines on dumbbell patterns
-classification of cells according to their migratory phenotypes

Literatur:

Schreiber et al., Scientific Reports, DOI: 10.1038/srep26858

Segerer et al., 2016; https://doi.org/10.1116/1.4940703

Schuster et al., https://doi.org/10.1016/S0378-4371(03)00574-0

Mahmud et al, DOI: 10.1038/NPHYS1306

 

"Calibration of cellular Potts model through cell migration on different adhesive geometries"     (Sophia Schaffer)

Background:

-Performing of 4 calibration experiments with one cell type:
--cells on dumbbell
--stripes
--doghnuts
--without confinement

Literatur:

Ouchi et al., https://doi.org/10.1016/S0378-4371(03)00574-0

Schreiber et al., DOI: 10.1038/srep26858

Segerer et al., 011005 (2016); https://doi.org/10.1116/1.4940703

 

 AG Gaub:

"Single-molecule force spectroscopy of adhesion proteins"   
"Light-controlled Protein Switches"                                          
                                                                    

Literatur:

 AG Lipfert:

"Probing viral integration at the single-molecule level with magnetic tweezers and atomic force microscopy"  

Literatur:

 

Zur Anmeldung zum Seminar bitte eine Email an carleen.kluger@physik.uni-muenchen.de



Verantwortlich für den Inhalt: M.Benoit