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Physikalisches Seminar (Biophysik): Potenzielle Bachelorarbeitsthemen – Übersicht

  • Übersicht

Einführendes Seminar zur Einarbeitung in mögliche Bachelorarbeitsthemen aus der Biophysik (3 ECTS-Punkte)

Dozenten

Informationen zur Vorlesung

Zeit und Ort

Themenvergabe und Koordinationstreffen:
Do., 22.11.2018, 13 Uhr ct., Seminarraum L 181

Die Seminarvorträge finden am 10. und 24. Januar 2019 statt.
Termin und Ort werden noch bekanntgegeben.

Bei weiteren Fragen bitte eine Mail an: martin.benoit@physik.uni-muenchen.de

Biophysikseminar (Physikalisches Seminar Biophysik) 3 ECTS-Punkte

Dieses Seminar bietet Bachelorstudenten die Möglichkeit einen Seminarvortrag über spezielle biophysikalische Methoden und aktuelle biophysikalische Fragestellungen zu halten. Es besteht gegebenenfalls die Möglichkeit, anschließend darüber auch eine Bachelorarbeit durchzuführen.

Die Vorbesprechung und Themenvergabe war am 22.11. 13 Uhr ct. im Seminarraum L181 des LS Gaub Amalienstr. 1. Stock. Dort wurden die Seminartage im Januar auf den 10.01. und den 24.01.2019 festgelegt.       

Die Vorträge können in deutscher oder englischer Sprache präsentiert werden und sollten 20 min dauern. Im Anschluss gibt es jeweils eine kurze Fragerunde in der alle Studenten zur Mitarbeit aufgerufen sind.

>>>> Tips für gute wissenschaftliche Präsentationen: [PDF] <<<<<

Seminarthemen    (wurden am 22. November vergeben und werden im Januar von den Teilnehmern im Seminar vorgetragen)

 AG Veigel:

 "Single molecule mechanics of myosin motors"   (B. Giebl & A. Stephan)

Literatur:
1. Lights action: optical tweezers; Justin Molloy and Miles Padgett; Contemporary Physics 43, 241-258 (2002)

2. Movement and force produced by a single myosin head; Molloy et al; Nature 378, 209-212 (1995)

3. Load-dependent kinetics of force production by smooth muscle myosin measured with optical tweezers; Veigel et al; Nature Cell Biology 5, 980-986 (2003)

 "Processive movement of single motor proteins" (P. Aikkila & G. Müller)

Literatur:

1. Lights action: optical tweezers; Justin Molloy and Miles Padgett; Contemporary Physics 43, 241-258 (2002)

2. Force and velocity measured for single kinesin molecules; Karel Svoboda and Steve Block; Cell 77, 773-784 (1994)

3. Mechanics of the kinesin step; Nicolas Carter and Robert Cross; Nature 435, 308-312 (2005)

4. The gaited gate of the molecular motor, myosin-V; Veigel et al; Nature Cell Biology 4, 59-65 (2002)

AG Braun:

 "Combining RNA accumulation with pH"   (K. Neumayr & K. Kellermann)

Literatur:

 "Replication by gelation in a thermal trap?"   (Vortragende: G. Ladurner & J. Schröder)

Literatur:
1. Escalation of Polymerization in a Thermal Gradient; C.B. Mast, S. Schink, U. Gerland, D. Braun. PNAS 110, 8030-8035 (2013), doi:10.1073/pnas.1303222110
2. Heat-Flow-Driven Oligonucleotide Gelation Separates Single-Base Differences; M. Morasch, D. Braun, C.B. Mast. Angewandte Chemie (2016) doi:10.1002/anie.201603779

3. Thermal, Autonomous Replicator Made from Transfer RNA; H.Krammer, F.M. Möller, D. Braun. PRL 108, 238104 (2012). doi:10.1103/PhysRevLett.108.238104

4. Autonomous self-replication of tRNA assemblies; S. A. Lanzmich, T. Rind, D. Braun.

 "Membrane free cell"   (Vortragende: C. Brummer)

Literatur:

 AG Liedl:

 "DNA origami crystal growth"  (Vortragender: S. Schönewitz)

Literatur:

 "Au-Ag nanorod synthesis and characterization" (Vortragender: A. Murr)

Literatur:

 AG Rädler:

 "Conformations and dynamics of DNA macromolecules on lipid membranes"  (Vortragende: J. Hintz)

Literatur:
M. Werner et al., Biointerphases 13 (2018) 028501.
B. Maier and J. O. Rädler, Phys. Rev. Lett. 82 (1999) 1911.
B. Maier and J. O. Rädler, Macromolecules 33 (2000) 7185.
C. Herold, P. Schwille, and E. P. Petrov, Phys. Rev. Lett. 104 (2010) 148102.
C. Herold, P. Schwille, and E. P. Petrov, J. Phys. D: Appl. Phys. 49 (2016) 074001.
A. G. Cherstvy and E. P. Petrov, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 2020.
C. Herold, G. Chwastek, P. Schwille, and E. P. Petrov, Langmuir 28 (2012) 5518.

 

 "Brownian motion in lipid membranes"                (Vortragender: A. Schmid)

Literatur:
S. Block, Biomolecules 8 (2018) 30.
P. G. Saffman and M. Delbrück, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72 (1975) 3111.
P. G. Saffman, J. Fluid Mech., 73 (1976) 593.
B. D. Hughes, B. A. Pailthorpe, and L. R. White. J. Fluid Mech. 110 (1981) 349.
E. P. Petrov and P. Schwille, Biophys. J. 94 (2008) L41.
E. P. Petrov, R. Petrosyan, and P. Schwille, Soft Matter 8 (2012) 7552.

 AG Lipfert:

 “Probing nucleosomes and their interactions using magnetic tweezers and AFM imaging” (Vortragende: S. Hofstetter & I. Rzhin)

Literatur:

 “Magnetic nanoparticles for the manipulation of molecules and cells” (Vortragende: L. Weigand & V. Savca)

Literatur:

 AG Gaub:

"Investigating Pathogen Adhesion with AFM-based Force Spectroscopy"    (Vortragender: F. Brandner)

Literatur:
1. T. J. Foster,  J. A. Geoghegan, V. K. Ganesh, and M. Höök. “Adhesion, Invasion and Evasion: The Many Functions of the Surface Proteins of Staphylococcus Aureus.” Nature Reviews Microbiology 12, no. 1 (2014): 49–62. doi.org/10.1038/nrmicro3161.

2. L.F. Milles, K. Schulten, H. E. Gaub, R. C. Bernardi. “Molecular Mechanism of Extreme Mechanostability in a Pathogen Adhesin” Science, (2018), DOI: 10.1126/science.aar2094

3. E. M. Puchner, H. E Gaub. “Force and Function: Probing Proteins with AFM-Based Force Spectroscopy.” Current Opinion in Structural Biology, Carbohydradtes and glycoconjugates / Biophysical methods, 19, no. 5 (2009): 605–14. doi.org/10.1016/j.sbi.2009.09.005.

Zu Fragen zum Seminar bitte eine Email an martin.benoit@physik.uni-muenchen.de

 

Verantwortlich für den Inhalt: M.Benoit